Boekhoute werd voor het eerst vermeld in 1128 als Bocholt, “beukenbos”. Het dorp was de hoofdplaats van het Boekhouter Ambacht, een van de Vier Ambachten. Overstromingen, vooral die van 1375–1377, vormden de Braakman, een zeearm die Boekhoute een haven bezorgde. Eeuwenlang leefde het dorp van visserij en landbouw. Door verzanding, nieuwe indijkingen en de Belgische onafhankelijkheid verschoof de haven meermaals en werd het vissersleven steeds moeilijker. In 1952 werd de Braakman definitief afgesloten, wat het einde betekende van de haven en de traditionele visserij.

Boekhoute ontwikkelde zich als vissersgemeenschap met een belangrijke rol in de aanvoer van kaakharing en mosselen, mede dankzij de verbinding met de Westerschelde. De haven kende verschillende locaties en bleef tot 1914 operationeel, ondanks grensconflicten en oorlogsomstandigheden. Na het verdwijnen van de haven bleef landbouw een stabiele economische pijler. Vandaag leeft het maritieme verleden voort in erfgoed, toerisme en het Bezoekerscentrum Boekhoute, dat de visserstraditie en lokale geschiedenis ontsluit.